考慮到海上風險的不可避免性，航運公司可以通過保險，交付一定的保費，以保證收取運費的權利。
　　對于第二方面的風險，航運公司可采取以下防范措施：
　　第一，必須重視對托運人或租船人的資信調查。對于資信較好的托運人或租船人可以予以信任，對運費支付條件可以放松一點，以求和客戶保持長期、穩定、良好的合作關系。而對于規模較小、償付能力有限、資信不良的公司則應把好關。當運費被托欠時，航運公司應及時采取措施，贏得主動，以保全運費的回收。考慮到議付行審核 單證 需要一段時間，如中國銀行審單時間為7天左右，在買賣合同 信用證 項下的貨款還沒有支出時，航運公司可以申請當地司法機關，對銀行賬戶予以查封、凍結，從而請求法院判決要求債務人支付其拖欠的運費。
　　第二，在信用證 交易情況下，航運公司可以要求托運人或租船人開具以原交易的信用證議付行為開證行、航運公司為受益人的信用證，或提供議付行出具的保證其支付運費的保函。由于托運人或租船人是前一信用證的受益人，可以憑前一信用證作擔保，開具以議付行為開證行、航運公司為受益人的信用證，銀行承擔第一性的付款義務，把商業信用轉為銀行信用，或者提供議付行出具的保函。因為托運人或租船人有信用證作擔保，他也不需要再交開證押金，要求議付行開信用證僅僅需要支付一些手續費而己。同樣，對于要求議付行出保函也易取得議付行的同意。
　　這樣，一旦出現運費拖欠的情況，航運公司可直接向保函出具單位施加壓力，或通過他們向拖欠運費的債務人要求支付，或者直接向當地法院起訴。
　　第三，運費支付時間盡量約定在預付運費提單簽發之時或之前，因為在此情況下，托運人或租船人交付足夠運費之前，航運公司沒有任何義務簽發運費已付提單。當前國際貿易中一般都采用 CIF 或 CFR 價格條件，信用證一般也都要求是運費已付提單。托運人或租船人所持 單證 與信用證規定的 單證 不一致時議付行有權拒付，由此迫使其及時交付運費的結匯。
　　第四，航運公司可以將租船中的責任終止及留置條款明確地并入提單中。雖然多數國家都許可并入條款的效力，但為了保護善意的提單持有人，對并入條款都進行嚴格解釋，限制所并入提單的租約條款。而且責任終止條款不能通過普通語言并入提單，要想并入必須通過明確文字，因為其不屬于與提單持有人提貨有關的條件。通過這種方法，航運公司在債務人不支付運費時可直接留置貨物，按程序進行拍賣、變賣，從價款中優先受償。